RSS

Archiwum kategorii: Otwartość

Otwarte dane: IBB PAN opublikowało pierwszy genotyp Polaka

Z notki na stronie Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN:

Genom człowieka to ponad 3 miliardy par zasad i mimo upływu ponad 10 lat od opublikowania jego pierwszego kompletnego szkicu, zależności pomiędzy informacją genetyczną a zdrowiem wciąż w sporej części pozostają zagadką.

Wynika to między innymi ze złożoności relacji pomiędzy różnicami w obrębie genomu, wpływu warunków środowiskowych i trybu życia na zdrowie, oraz w pewnej części ze specyficznych dla danej grupy etnicznej zmian w genomie.  Pełne zrozumienie informacji wynikających z naszego genomu wymaga olbrzymiego materiału do porównania, dlatego uczeni z całego świata decydują się na upublicznienie swoich genotypów w nadziei, że swobodny dostęp do tych danych przyspieszy badania w tym obszarze. Doceniając te idee i rozumiejąc ich znaczenie dla rozwoju diagnostyki genetycznej w Polsce, w dniu dzisiejszym IBB PAN udostępnia pierwszy polski genotyp jednego ze swoich pracowników naukowych.
Plik zawierający zestaw blisko miliona polimorfizmów wraz z koordynatami dla poszczególnych chromosomów jest do pobrania na stronie:
http://oligo.ibb.waw.pl/genotyp_IBB.html*

*Udostępnienie danych genetycznych odbyło się za zgodą naszego pracownika.

Inicjatywa z IBB wpisuje się w działania projektów takich jak Personal Genome Project czy też Genomes Unzipped. Jak widać także na lokalnym podwórku (wręcz dosłownie – mam przyjemność pracować w IBB) docenia się korzyści wynikające z nieskrępowanego dostępu do danych.

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Wrzesień 9, 2011 w Otwartość

 

Tagi: , , ,

FigShare – nowa platforma mikropublikacji

Wczoraj udostępniona została oficjalna wersja beta serwisu FigShare. Serwis ten powstał z myślą o umożliwieniu uczonym podzielenia się cząstkowymi wynikami badań, niezależnie od tego, czy są to negatywne wyniki, elementy projektów, które nigdy nie trafią do końcowych publikacji czy też wyniki, które dopiero mają zostać opublikowane. Poniżej przykład obrazka z projektu Steve’a Kocha zakończonego w 2003, który nie trafił do publikacji, ponieważ wyniki nie były przekonujące.

FigShare pozwala na opublikowanie zarówno danych jak i obrazków ilustrujących wyniki eksperymentów. Domyślną licencją dla ilustracji jest CC-BY. Serwis oparty jest na silniku MediaWiki wobec czego udostępnia także API (pod adresem http://figshare.com/figures/api.php). Wszystkie opublikowane elementy mają nadany zewnętrzny unikalny adres w systemie Handle (odpowiednik DOI) wobec czego są cytowalne wg wszystkich standardów wydawców czasopism naukowych.

Pojawienie się FigShare jest bardzo istotnym elementem otwierania procesu naukowego. I nie tylko dlatego, że stanowi świetną platformę dla naukowców do dzielenia się wynikami badań tuż po tym jak je otrzymają. To na pewno ważne, ale widzę w tym serwisie znacznie większy potencjał – a mianowicie zostanie platformą mikropublikacji dla projektów nauki obywatelskiej. Projekty, w które angażujemy społeczność spoza środowiska naukowego, rzadko kończą się publikacjami, których wspołautorami są amatorzy. Jednym z niewielu takich przykładów jest praca dotycząca gry FoldIT, w której gracze są autorami (ujęci zbiorowo jako „Players F”, czyli „FoldIT Players”). Generalnie nawet nie chodzi o to, że uczeni nie chcą zapraszać amatorów. Po prostu wymagania dotyczące uznania kogoś za współautora publikacji są na tyle wysokie (tu przykład takich reguł dla czasopism biomedycznych), że dodanie kogokolwiek do publikacji wymaga zazwyczaj sporo akrobacji (nie wspominajmy już o brzydkim zwyczaju dopisywania różnych ważnych osób do publikacji bez ich wkładu merytorycznego). FigShare ma szansę rozwiązać ten problem, bo umożliwia samym amatorom publikację własnych wyników, a uczonym legalne i zgodne z sumieniem wykorzystanie ich ponownie.

Więcej o samym projekcie na oficjalnym blogu FigShare.

Uwaga natury organizacyjnej – FigShare jest wspierany przez Instytut Systemów (proszę nie szukać w internecie, Instytut w zasadzie nie ma własnej strony), którego jestem dyrektorem. Projekt jest w moim odczuciu na tyle ważny, że zdecydowałem, iż Instytut pokryje w całości koszty utrzymania serwisu na dedykowanym serwerze.

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Marzec 3, 2011 w Nauka, Otwartość, Publikacja

 

Tagi: , , , ,

Kryzys ekonomiczny a otwarta nauka

Niezależnie od tego, co mówią politycy czy ekonomiści, kryzys finansowy dopiero ujawnia swoje oblicze. Ostatnie dość drastyczne cięcia w wydatkach na naukę w planowanym budżecie Stanów Zjednoczonych to tylko kolejna powtórka z rozrywki, którą już wcześniej zafundowały sobie inne kraje, w tym tacy giganci nauki jak np. Wielka Brytania. Jak dla mnie, bomba. Nie ma lepszego sposobu na zainicjowanie zmian w organizacji badań naukowych, jak brak funduszy.

Otworzenie nauki poprzez projekty nauki obywatelskiej, crowdsourcing, wolne oprogramowanie, wolny dostęp do literatury czy też nowe modele publikowania typu „science as a wiki” jest najtańszym sposobem poprawienia wydajności badań mierzonej (z braku lepszej miary) ilością wyprodukowanych wyników (czy też publikacji). Dla przykładu, proste wyliczenia wskazują, że  150 milionów złotych wydane co roku na Wirtualną Bibliotekę Nauki mogłoby sfinansować ok. 50 tysięcy publikacji w modelu Open Access (przy założeniu kosztu ok. 1000 dolarów za publikację, co jest nawiasem mówiąc sporym przeszacowaniem), z tym, że Polscy naukowcy aż tyle nie publikują (mówi się o ok. 30 tysiącach rocznie). Zmiana formy finansowania publikowania wyników badań może przynieść 30% oszczędności. Tylko kto w to uwierzy? Bo na pewno nie nasi włodarze, sądząc po uchwalonej niedawno ustawie reformującej naukę, która właściwie nic nie reformuje (przynajmniej nic istotnego)…

Tam gdzie względy polityczne mają mniejsze znaczenie niż w Ministerstwie Nauki, robi się wszystko aby uwolnić przepływ informacji, bo nie dość, że przynosi wymierne korzyści, to jest jeszcze najłatwiejsze do zrobienia, bo nie wymaga przearanżowania struktur organizacji. Chyba najbardziej spektakularnym projektem jest Intellipedia, wewnętrzne wiki CIA, zbudowane na tym samym silniku co Wikipedia. Tymi samymi względami praktycznymi kierują się firmy biotechnologiczne czy farmaceutyczne, deponując część swoich danych (takich, które nie są istotne z punktu widzenia działalności firmy) w publicznych bazach, bądź dokładając się do rozwoju oprogramowania open source. Dzielenie się zasobami jest tańsze, niż reprodukowanie ich w nieskończoność. Ta wiedza dotrze z czasem i do środowiska akademickiego (bo biznesowe chyba właśnie się zorientowało). Poczekajmy tylko na kolejne cięcia w wydatkach na naukę.

 

Enhanced by Zemanta
 
3 komentarze

Opublikował/a w dniu Luty 25, 2011 w Nauka, Otwartość

 

Tagi: , , ,

Dwa miliardy dolarów na otwarte zasoby edukacyjne

To chyba największe zaskoczenie tego roku (wiem, dopiero styczeń, ale ciężko będzie zaskoczyć mnie jeszcze bardziej). Amerykańskie Departamenty Pracy i Edukacji ogłosiły wczoraj program wydania w ciągu najbliższych czterech lat dwóch miliardów dolarów na poprawę oferty edukacyjnej szkół wyższych i firm szkoleniowych. Najważniejszym elementem programu jest wymóg, aby materiały edukacyjne, które powstaną przy pomocy tych funduszy były udostępniane na licencji Creative Commons Uznanie Autorstwa (co oznacza możliwość np. przetłumaczenia na polski i użycia w edukacji na dowolnym poziomie, także komercyjnie). Więcej na blogu Creative Commons.

Ten krok będzie miał olbrzymi wpływ na stanowisko instytucji naukowych w kwestii otwartego dostępu do literatury naukowej. Skoro ten niby bardziej cenny element (tj. materiały edukacyjne) produkowany przez uniwersytety opłaca się udostępnić na wolnej licencji (a nie mam wątpliwości, że ten eksperyment okaże się opłacalny), powszechne mandaty Open Access dla literatury naukowej będą już tylko kwestią czasu, tym bardziej, że argument finansowy dla ich przyjęcia będzie analogiczny jak dla otwarcia zasobów edukacyjnych.

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Styczeń 21, 2011 w Open Access, Otwarta edukacja, Otwartość

 

Tagi: , ,

Otwarta innowacja, crowdsourcing a otwartość w nauce

Open Innovation Model of the book
Image via Wikipedia

Crowdsourcing w polskiej Wikipedii zdefiniowany jest jako „czerpanie wiedzy, pomysłów i inspiracji ‚z tłumu’, a więc zwykłych ludzi”, co generalnie zgadza się z intuicją większości ludzi. Ale jak popatrzymy na bardziej precyzyjny opis na tej samej stronie, wyłaniający się obraz zaczyna być trochę mętny:

  1. Firma posiada problem
  2. Firma dzieli się problemem online
  3. Internauci proszeni są o podanie rozwiązań
  4. Internauci przedstawiają rozwiązania
  5. Internauci weryfikują i odrzucają rozwiązania
  6. Firma nagradza internautów, których rozwiązania zostały wyróżnione
  7. Firma wprowadza wybrane rozwiązania
  8. Firma czerpie zyski

Dlaczego? Otóż ten sam proces, który nosi niewdzięczną nazwę crowdsourcing, zwykło się w środowiskach biznesowych i naukowych nazywać „otwartą innowacją”. Firmy zbierające przez internet od ekspertów z całego świata rozwiązania poważnych problemów technologicznych jak np. Innocentive czy NineSigma do niedawna „otwartość” miały wypisaną grubym drukiem na każdej stronie. Ale tak na dobrą sprawę otwartość w tym przypadku jest znikoma (co napisano zresztą na Wikipedii pod hasłem „Open Innovation”: „Poza podobieństwem nazw, Open Innovation nie wiele ma wspólnego z modelem open source (…)”).

Jak się to ma do otwartej nauki? Ano tak, że bardzo często usiłuje się u nas w Kraju sprowadzić otwartość w nauce do tego samego poziomu co crowdsourcing. W miłościwie nam panującej nam histerii na wielkie i modne słowa (typu otwartość) wdrożenie poczty elektronicznej na naszych uczelniach i w instytucjach naukowych uznane by zostało za poważny krok z stronę otwartej nauki, bo przecież naukowcy mogą już do siebie pisać emaile i wysyłać szkice publikacji

Otwarta nauka to udostępnienie bez zbędnych ograniczeń pełnej dokumentacji badań naukowych (np. w formie publikacji udostępnionej na jednej z licencji Creative Commons, otwartego kodu źródłowego) w trakcie ich prowadzenia, lub po. Jeśli naukowiec ma swoją stronę w internecie, na której jest zgrubnie opisana tematyka jego badań oraz adres email – nie nazywajmy tego otwartością.

Enhanced by Zemanta
 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Październik 4, 2010 w Otwartość

 

Otwarty dziennik laboratoryjny

75 px
Image via Wikipedia

Prowadzenie swojego dziennika laboratoryjnego w formie otwartego dla wszystkich wiki (w angielskim nazywane Open Notebook Science) to pomysł, który większość naukowców wyśmieje od razu i bez zastanawiania się wróci do eksperymentów. Jednak Jean-Claude Bradley, chemik pracujący nad lekami antymalarycznymi, od 2006 roku w ten właśnie wsposób dokumentuje swoje eksperymenty. Wg Wikipedii, na dzień dzisiejszy około 20 uczonych podążyło śladami Bradleya i rozpoczęło udostępnianie swoich wyników w takiej czy innej formie przed formalną publikacją w czasopiśmie. Wszyscy zdają się mieć ten sam cel – udostępnić swoją pracę w formie, która nie będzie zmuszać innych uczonych do wielomiesięcznego dochodzenia do tych samych wyników (jak to się często dzieje, kiedy usiłujemy odtworzyć eksperyment opisany w dziale Metody dowolnej publikacji). Drugim ważnym elementem są eksperymenty, które się nie udały – coś co bardzo rzadko ma szansę ujrzeć światło dzienne (aczkolwiek są już czasopisma dokumentujące negatywne wyniki, jak np. Journal of Negative Results in Biomedicine). Te w zasadzie strzępki informacji, znajdowane nie bezpośrednio, ale przy pomocy wyszukiwarek takich jak Google, mogą być przydatne przy prowadzeniu zupełnie innych badań.

Ryzyko kradzieży pomysłów/wyników przez innych naukowców to chyba najczęstszy i najbardziej oczywisty argument przeciwko otwartemu dziennikowi laboratoryjnemu i w zasadzie nie ma się czemu dziwić – każdy w sumie słyszał jak nie z pierwszej to z drugiej ręki historię podobnego „pożyczenia” wyników (a jak nie słyszał, to podaje historię odkrycia DNA i kontrowersje wokół pominięcia wkładu Rosalind Franklin). Z drugiej strony publikacje złożone przez Perelmana w archiwum preprintów Arxiv były podwaliną uznania go za głównego autora dowodu hipotezy Poincarégo, mimo próby przywłaszczenia sobie jego pracy przez innych matematyków. Można powiedzieć, że strach ma wielkie oczy, ale  na dobrą sprawę to nie wiemy na jaką skalę dochodzi do zawłaszczania pomysłów w nauce i dopiero nauka prowadzona w ramach otwartego dziennika laboratoryjnego chyba może ukazać faktyczną skalę zjawiska.

Tak czy inaczej, nawet jak pomysł wydaje nam się zupełnie z kosmosu, to chyba warto się z nim chociażby oswoić. Jak to często bywa z naszym Krajem, niektóre rozwiązania przychodzą z zachodu, nie w formie trendu, czy mody, ale w formie przepisu. I wcale bym się nie zdziwił, widząc agresywną politykę USA dotyczącą udostępniania publikacji oraz wyników badań, czy przypadkiem Unia w dłuższej perspektywie nie wpadnie na podobne rozwiązania u siebie.

Do poczytania:

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Wrzesień 29, 2010 w Nauka, Otwartość

 

O otwartej nauce na TEDxWarsaw

Miałem zaszczyt opowiadać o otwartej nauce na konferencji TEDxWarsaw 5-ego marca 2010 (wideo poniżej). Nie doceniłem poczucia humoru publiczności – salwy śmiechu na początku były dla mnie zupełnym zaskoczeniem (co zresztą widać). Jak się okazuje, nie tylko ja lubię angielski humor.

Kluczową częścią prezentacji był sam początek:

Co, jeśli wyjaśnię Wam w prostych słowach, co jest moim przedmiotem badań? Co, jeśli podam odnośniki do obszerniejszych informacji, tak abyście mogli lepiej zrozumieć problem nad którym pracuję? Co, jeśli zapewnię Wam dostęp do specjalistycznej literatury całkowicie za darmo? Co, jeśli zapewnię Wam dostęp do danych, abyście mogli pobawić się nimi sami? Co, jeśli zdejmę ten fartuch laboratoryjny, aby zniknęła jeszcze jedna sztuczna różnica między nami? Co jeśli jedynymi rzeczami, które będą mieć znaczenie w tej grze w rozwiązywanie zagadek natury będą umiejętności, wiedza i pasja? Mamy nazwę dla tej utopijnej wizji: jest to „otwarta nauka”.

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Wrzesień 28, 2010 w Otwartość