RSS

Archiwum kategorii: Nauka

FigShare – nowa platforma mikropublikacji

Wczoraj udostępniona została oficjalna wersja beta serwisu FigShare. Serwis ten powstał z myślą o umożliwieniu uczonym podzielenia się cząstkowymi wynikami badań, niezależnie od tego, czy są to negatywne wyniki, elementy projektów, które nigdy nie trafią do końcowych publikacji czy też wyniki, które dopiero mają zostać opublikowane. Poniżej przykład obrazka z projektu Steve’a Kocha zakończonego w 2003, który nie trafił do publikacji, ponieważ wyniki nie były przekonujące.

FigShare pozwala na opublikowanie zarówno danych jak i obrazków ilustrujących wyniki eksperymentów. Domyślną licencją dla ilustracji jest CC-BY. Serwis oparty jest na silniku MediaWiki wobec czego udostępnia także API (pod adresem http://figshare.com/figures/api.php). Wszystkie opublikowane elementy mają nadany zewnętrzny unikalny adres w systemie Handle (odpowiednik DOI) wobec czego są cytowalne wg wszystkich standardów wydawców czasopism naukowych.

Pojawienie się FigShare jest bardzo istotnym elementem otwierania procesu naukowego. I nie tylko dlatego, że stanowi świetną platformę dla naukowców do dzielenia się wynikami badań tuż po tym jak je otrzymają. To na pewno ważne, ale widzę w tym serwisie znacznie większy potencjał – a mianowicie zostanie platformą mikropublikacji dla projektów nauki obywatelskiej. Projekty, w które angażujemy społeczność spoza środowiska naukowego, rzadko kończą się publikacjami, których wspołautorami są amatorzy. Jednym z niewielu takich przykładów jest praca dotycząca gry FoldIT, w której gracze są autorami (ujęci zbiorowo jako „Players F”, czyli „FoldIT Players”). Generalnie nawet nie chodzi o to, że uczeni nie chcą zapraszać amatorów. Po prostu wymagania dotyczące uznania kogoś za współautora publikacji są na tyle wysokie (tu przykład takich reguł dla czasopism biomedycznych), że dodanie kogokolwiek do publikacji wymaga zazwyczaj sporo akrobacji (nie wspominajmy już o brzydkim zwyczaju dopisywania różnych ważnych osób do publikacji bez ich wkładu merytorycznego). FigShare ma szansę rozwiązać ten problem, bo umożliwia samym amatorom publikację własnych wyników, a uczonym legalne i zgodne z sumieniem wykorzystanie ich ponownie.

Więcej o samym projekcie na oficjalnym blogu FigShare.

Uwaga natury organizacyjnej – FigShare jest wspierany przez Instytut Systemów (proszę nie szukać w internecie, Instytut w zasadzie nie ma własnej strony), którego jestem dyrektorem. Projekt jest w moim odczuciu na tyle ważny, że zdecydowałem, iż Instytut pokryje w całości koszty utrzymania serwisu na dedykowanym serwerze.

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Marzec 3, 2011 w Nauka, Otwartość, Publikacja

 

Tagi: , , , ,

Szybkie publikowanie wyników badań – publikacje na wiki

Cancer Commons używa silnika MediaWiki (z rozszerzeniem Semantic MediaWiki) do publikacji i uaktualniania artykułów dotyczących modeli funkcjonowania i diagnostyki nowotworów (tutaj przykład takiego artykułu dotyczącego czerniaka złośliwego). Podobnej platformy (ale tym razem jest to Google’owy KNOL) używa PLoS Currents – ale w tym przypadku PC organizuje sekcje tematycze, publikacja podlega ocenie i jest możliwość zablokowania dalszej edycji. KNOL chyli się ku upadkowi, więc ciężko wróżyć PC świetlaną przyszłość, a artykuły Cancer Commons raczej będą podsumowaniami opublikowanych już prac i nie będą zawierać nowych wyników, ale warto spojrzeć na oba modele, bo temat szybszego dzielenia się wiedzą będzie wracał jak bumerang. I to szybciej niż się nam wydaje.

Cytując Sommersa z jego artykułu z zeszłego roku (The delay in sharing research data is costing lives) [PDF tego artykułu jest dostępny w sieci na innych stronach, wystarczy poszukać po tytule]:

It is not uncommon for potentially life-saving research data to be published years after being generated. But the setback to progress caused by the delay in releasing data is troublesome for people who selflessly participate in trials and desperately await new therapies. Scientists need to feel greater urgency to share their findings quickly, and they need additional avenues to facilitate this process.

Społeczeństwo może mieć w nosie badania naukowe do momentu aż w grę będzie wchodzić zdrowie i przedłużenie życia. Wejście na rynek jakiegoś leku spóźnione o nawet 10 lat (szacunki Sommersa) oznacza realne straty: czyjeś życie. Jeśli my się jakoś nie dogadamy co do sposobu publikowania wyników badań szybciej i sprawniej, to innowacje w obszarze nauk biomedycznych wymuszą sami pacjenci.

Enhanced by Zemanta
 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Luty 28, 2011 w Komentarz, Nauka, Publikacja

 

Kryzys ekonomiczny a otwarta nauka

Niezależnie od tego, co mówią politycy czy ekonomiści, kryzys finansowy dopiero ujawnia swoje oblicze. Ostatnie dość drastyczne cięcia w wydatkach na naukę w planowanym budżecie Stanów Zjednoczonych to tylko kolejna powtórka z rozrywki, którą już wcześniej zafundowały sobie inne kraje, w tym tacy giganci nauki jak np. Wielka Brytania. Jak dla mnie, bomba. Nie ma lepszego sposobu na zainicjowanie zmian w organizacji badań naukowych, jak brak funduszy.

Otworzenie nauki poprzez projekty nauki obywatelskiej, crowdsourcing, wolne oprogramowanie, wolny dostęp do literatury czy też nowe modele publikowania typu „science as a wiki” jest najtańszym sposobem poprawienia wydajności badań mierzonej (z braku lepszej miary) ilością wyprodukowanych wyników (czy też publikacji). Dla przykładu, proste wyliczenia wskazują, że  150 milionów złotych wydane co roku na Wirtualną Bibliotekę Nauki mogłoby sfinansować ok. 50 tysięcy publikacji w modelu Open Access (przy założeniu kosztu ok. 1000 dolarów za publikację, co jest nawiasem mówiąc sporym przeszacowaniem), z tym, że Polscy naukowcy aż tyle nie publikują (mówi się o ok. 30 tysiącach rocznie). Zmiana formy finansowania publikowania wyników badań może przynieść 30% oszczędności. Tylko kto w to uwierzy? Bo na pewno nie nasi włodarze, sądząc po uchwalonej niedawno ustawie reformującej naukę, która właściwie nic nie reformuje (przynajmniej nic istotnego)…

Tam gdzie względy polityczne mają mniejsze znaczenie niż w Ministerstwie Nauki, robi się wszystko aby uwolnić przepływ informacji, bo nie dość, że przynosi wymierne korzyści, to jest jeszcze najłatwiejsze do zrobienia, bo nie wymaga przearanżowania struktur organizacji. Chyba najbardziej spektakularnym projektem jest Intellipedia, wewnętrzne wiki CIA, zbudowane na tym samym silniku co Wikipedia. Tymi samymi względami praktycznymi kierują się firmy biotechnologiczne czy farmaceutyczne, deponując część swoich danych (takich, które nie są istotne z punktu widzenia działalności firmy) w publicznych bazach, bądź dokładając się do rozwoju oprogramowania open source. Dzielenie się zasobami jest tańsze, niż reprodukowanie ich w nieskończoność. Ta wiedza dotrze z czasem i do środowiska akademickiego (bo biznesowe chyba właśnie się zorientowało). Poczekajmy tylko na kolejne cięcia w wydatkach na naukę.

 

Enhanced by Zemanta
 
3 komentarze

Opublikował/a w dniu Luty 25, 2011 w Nauka, Otwartość

 

Tagi: , , ,

Otwarty dziennik laboratoryjny

75 px
Image via Wikipedia

Prowadzenie swojego dziennika laboratoryjnego w formie otwartego dla wszystkich wiki (w angielskim nazywane Open Notebook Science) to pomysł, który większość naukowców wyśmieje od razu i bez zastanawiania się wróci do eksperymentów. Jednak Jean-Claude Bradley, chemik pracujący nad lekami antymalarycznymi, od 2006 roku w ten właśnie wsposób dokumentuje swoje eksperymenty. Wg Wikipedii, na dzień dzisiejszy około 20 uczonych podążyło śladami Bradleya i rozpoczęło udostępnianie swoich wyników w takiej czy innej formie przed formalną publikacją w czasopiśmie. Wszyscy zdają się mieć ten sam cel – udostępnić swoją pracę w formie, która nie będzie zmuszać innych uczonych do wielomiesięcznego dochodzenia do tych samych wyników (jak to się często dzieje, kiedy usiłujemy odtworzyć eksperyment opisany w dziale Metody dowolnej publikacji). Drugim ważnym elementem są eksperymenty, które się nie udały – coś co bardzo rzadko ma szansę ujrzeć światło dzienne (aczkolwiek są już czasopisma dokumentujące negatywne wyniki, jak np. Journal of Negative Results in Biomedicine). Te w zasadzie strzępki informacji, znajdowane nie bezpośrednio, ale przy pomocy wyszukiwarek takich jak Google, mogą być przydatne przy prowadzeniu zupełnie innych badań.

Ryzyko kradzieży pomysłów/wyników przez innych naukowców to chyba najczęstszy i najbardziej oczywisty argument przeciwko otwartemu dziennikowi laboratoryjnemu i w zasadzie nie ma się czemu dziwić – każdy w sumie słyszał jak nie z pierwszej to z drugiej ręki historię podobnego „pożyczenia” wyników (a jak nie słyszał, to podaje historię odkrycia DNA i kontrowersje wokół pominięcia wkładu Rosalind Franklin). Z drugiej strony publikacje złożone przez Perelmana w archiwum preprintów Arxiv były podwaliną uznania go za głównego autora dowodu hipotezy Poincarégo, mimo próby przywłaszczenia sobie jego pracy przez innych matematyków. Można powiedzieć, że strach ma wielkie oczy, ale  na dobrą sprawę to nie wiemy na jaką skalę dochodzi do zawłaszczania pomysłów w nauce i dopiero nauka prowadzona w ramach otwartego dziennika laboratoryjnego chyba może ukazać faktyczną skalę zjawiska.

Tak czy inaczej, nawet jak pomysł wydaje nam się zupełnie z kosmosu, to chyba warto się z nim chociażby oswoić. Jak to często bywa z naszym Krajem, niektóre rozwiązania przychodzą z zachodu, nie w formie trendu, czy mody, ale w formie przepisu. I wcale bym się nie zdziwił, widząc agresywną politykę USA dotyczącą udostępniania publikacji oraz wyników badań, czy przypadkiem Unia w dłuższej perspektywie nie wpadnie na podobne rozwiązania u siebie.

Do poczytania:

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Wrzesień 29, 2010 w Nauka, Otwartość