RSS

Otwarte dane: IBB PAN opublikowało pierwszy genotyp Polaka

Z notki na stronie Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN:

Genom człowieka to ponad 3 miliardy par zasad i mimo upływu ponad 10 lat od opublikowania jego pierwszego kompletnego szkicu, zależności pomiędzy informacją genetyczną a zdrowiem wciąż w sporej części pozostają zagadką.

Wynika to między innymi ze złożoności relacji pomiędzy różnicami w obrębie genomu, wpływu warunków środowiskowych i trybu życia na zdrowie, oraz w pewnej części ze specyficznych dla danej grupy etnicznej zmian w genomie.  Pełne zrozumienie informacji wynikających z naszego genomu wymaga olbrzymiego materiału do porównania, dlatego uczeni z całego świata decydują się na upublicznienie swoich genotypów w nadziei, że swobodny dostęp do tych danych przyspieszy badania w tym obszarze. Doceniając te idee i rozumiejąc ich znaczenie dla rozwoju diagnostyki genetycznej w Polsce, w dniu dzisiejszym IBB PAN udostępnia pierwszy polski genotyp jednego ze swoich pracowników naukowych.
Plik zawierający zestaw blisko miliona polimorfizmów wraz z koordynatami dla poszczególnych chromosomów jest do pobrania na stronie:
http://oligo.ibb.waw.pl/genotyp_IBB.html*

*Udostępnienie danych genetycznych odbyło się za zgodą naszego pracownika.

Inicjatywa z IBB wpisuje się w działania projektów takich jak Personal Genome Project czy też Genomes Unzipped. Jak widać także na lokalnym podwórku (wręcz dosłownie – mam przyjemność pracować w IBB) docenia się korzyści wynikające z nieskrępowanego dostępu do danych.

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Wrzesień 9, 2011 w Otwartość

 

Tagi: , , ,

Polski portal społecznościowy dla naukowców

Właśnie zauważyłem, że ruszyła platforma iprofesor – polski portal łączący ludzi nauki. Wprawdzie chciałbym powiedzieć coś miłego na jego temat, ale niestety nie mogę. Niestety, portal jest bez pomysłu („Łaaaaa, zrobimy przestrzeń, żeby naukowcy mogli sobie pogadać…” A o czym? Nie za bardzo wiadomo). Inicjatywa polskiego Science3.0 (która niestety z przyczyn technicznych leży i czeka na kompletne przebudowanie, bo poprzedni silnik nie był zbyt wydajny) przynajmniej w ogólnych założeniach miała jakiś profil (nowoczesna nauka, nowe formy komunikacji, nauka 2.0, itd.). Wszędzie tam, gdzie portal dla naukowców zaskarbił sobie lojalność użytkowników oferowane usługi albo grupa docelowa w jakiś istotny sposób różniły się od Facebooka. Po drugie wymaga conajmniej magistra, żeby założyć konto (no to może zróbmy jeszcze wersję bardziej elitarną, tylko dla profesorów). W kontekście poprzedniego punktu, to chyba niezbyt dobry sposób na profilowanie portalu. Po trzecie, po co kolejny serwis i w dodatku po polsku? Rozumiem, gdyby miał dotyczyć polskiej humanistyki, ale wygląda na to, że jest dla wszystkich. Kolejne kółeczko wzajemnej adoracji, po to, żeby przypadkiem nie konfrontować polskiej myśli naukowej ze światową (taka mała podpowiedź – światowa nauka póki co komunikuje się po angielsku)? Obecność takich instytucji jak MNiSW na liście patronów świadczy albo o tym, że Ministerstwo (i inne szacowne instytucje) jest gotowe zostać patronem też i tego bloga (bo jest w internecie i jest o nauce), albo ktoś zupełnie nie zdaje sobie sprawy z roli internetu w nauce. Drugiej hipotezy nie mam jak sprawdzić, ale pierwszą spróbuję w najbliższych miesiącach zweryfikować.

Zupełnie na boku zostawiam kwestię tego, że łódzka firma, która budowała ten portal, na swojej stronie nie podaje ani jednego nazwiska. Niestety, nie budzi to zaufania, a raczej podejrzenia. Ale to zupełnie inna kwestia.

Tak czy siak, portal z takimi patronami z pewnością odniesie niewiarygodny sukces. Ale czy coś dobrego wyniknie z tego dla nauki?

 
4 komentarzy

Opublikował/a w dniu Lipiec 28, 2011 w Komunikacja

 

Tagi: , , ,

Nowe czasopismo Open Access – grantodawcy wkraczają do gry

Z notki prasowej:

The Howard Hughes Medical Institute, the Max Planck Society and the Wellcome Trust announced today that they are to support a new, top-tier, open access journal for biomedical and life sciences research. The three organisations aim to establish a new journal that will attract and define the very best research publications from across these fields. All research published in the journal will make highly significant contributions that will extend the boundaries of scientific knowledge.

Polecam też komentarz Camerona Neylona.

Zmiany nadchodzą wielkimi krokami. I prawdopodobnie nie będą tylko dotyczyć publikowania w modelu Open Access. W miarę jak uczeni zaczną akceptować i doceniać otwartość publikacji, ciężar dyskusji przeniesie się na otwartość innych elementów badań naukowych. W Polsce w zeszłym roku ruszył projekt Synat, który nawet jeśli nie przyniesie wymiernych rezultatów (mój sceptycyzm nie jest jakoś szczególnie uzasadniony – po prostu nauka w Polsce funkcjonuje w nie do końca logiczny sposób), to ma szansę stać się osią dyskusji na temat otwartego dostępu do surowych danych. Dyskusji, której bardzo potrzebujemy.

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Czerwiec 29, 2011 w Open Access

 

Tagi: , , , , ,

Michael Nielsen o otwartej nauce na konferencji TEDxWaterloo

Świetne wprowadzenie do otwartej nauki – Michael Nielsen na TEDxWaterloo.

Enhanced by Zemanta
 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Kwiecień 14, 2011 w Wykłady

 

Tagi: , , , ,

Poza naukę (2.0) – mój felieton w NIMB

Logo of the Chemistry Development Kit.

Image via Wikipedia

Poniżej kopia mojego felietonu napisanego na potrzeby dziesiątego numeru czasopisma NIMB (Nauka|Innowacje|Marketing|Biznes) poświęconego Nauce 2.0 (NIMB wydawany jest przez Centrum Innowacji, Transferu Technologii i Rozwoju Uniwersytetu przy Uniwersytecie Jagiellońskim). Warto zajrzeć do całego numeru, nie tylko po to, żeby się przekonać jak wygląda Nauka 2.0 oglądana Krajowymi oczami, ale także po inne ciekawostki, jak chociażby wywiad z Wojciechem Macykiem, chemikiem z UJ i jego artykuł na temat fotokatalizy. Lokalne nastawienie (nawet jeśli występować będzie w wersji czysto krakowskiej) jest miłą odmianą po (skądinąd zrozumiałej) „amerykanizacji” większości innych czasopism popularno-naukowych. Szkoda, że takie czasopisma na uczelniach to raczej wyjątek niż reguła. Wisienką na torcie niech będzie fakt, że bez problemu udało się przekonać redakcję, żeby mój felieton opublikowała na licencji CC-BY.

 

Terminem „Nauka 2.0” zwykło się określać zmiany w komunikacji naukowej związane z pojawieniem się nowych narzędzi wymiany informacji w  internecie. Już całkiem spora grupa uczonych oswoiła się z blogami, współtworzy Wikipedię, korzysta z portali społecznościowych – wszystko w  celu swobodniejszej wymiany informacji. W zasadzie można by sprowadzić całe to zjawisko do praktycznej implementacji idei „memeksu” opisanej już w  1945 przez Vannevara Busha,  który argumentował, że naukowcy potrzebują efektywnego systemu dzielenia się wiedzą. Można by, gdyby nie drobny szczegół – nowe formy komunikacji są w dużej części publiczne. Efektem tego jest fakt, że Nauka 2.0 to nie tylko swobodniejsza wymiana informacji, nie tylko otwartość rozumiana jako wolny dostęp do wiedzy, ale także wyjście z własnych czterech ścian i nawiązanie relacji ze środowiskami spoza nauki.Owoce tych relacji mogą być bardzo różne. Mamy mnożące się jak grzyby po deszczu projekty krzyżujące naukę ze sztuką, często inspirowane przez samych uczonych, którym dopiero internet pozwolił artystycznie „odetchnąć”. Naukowcy i środowisko biznesowe spontanicznie współtworzą wolne oprogramowanie – dla przykładu firmy farmaceutyczne nie tylko używają, ale także dokładają kod do pakietu CDK, Chemistry Development Kit, bez żadnych formalnych umów. Coraz częstsze są inicjatywy nauki obywatelskiej jak chociażby wspólne klasyfikowanie galaktyk przez amatorów i naukowców w  ramach Galaxy Zoo. Ponadto powoli dochodzi do nawiązania kontaktu pomiędzy badaczami z obszaru nauk biomedycznych a pacjentami zainteresowanymi dopiero co testowanymi terapiami (jednym z  takich projektów jest Cancer Commons). Oczywiście bywają też przypadki mniej spektakularne. Do takich należy inicjatywa Partii Republikańskiej nazwana YouCut Citizen Review, w której obywatele Stanów Zjednoczonych proszeni są o przejrzenie projektów finansowanych przez National Science Foundation i wytypowanie tych, które są ich zdaniem marnowaniem pieniędzy. No coż, otwarty internet to miecz obosieczny… Nauka 2.0 jest w pewnym sensie wyjściem poza naukę, nieśmiałym krokiem w stronę większej współpracy między naukowcami, uspołecznienia nauki i  podkreślenia znaczenia badań naukowych. I  paradoksalnie, mimo że odrywa nas od kolejnego eksperymentu, może będzie właśnie tym elementem, dzięki któremu posuniemy się o krok dalej. Może nie indywidualnie, jako poszczególni naukowcy, ale jako całe społeczeństwo.

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Marzec 28, 2011 w Publikacja

 

Tagi: , , , , ,

Cztery filary Nauki 2.0

Bardzo polecam ten tekst dotyczący czterech filarów Nauki 2.0 – z kilku zresztą powodów. Po pierwsze, autorami są ludzie spoza środowiska związanego historycznie z nowoczesnymi formami komunikacji naukowej i co za tym idzie, ich spojrzenie na Naukę 2.0 jest świeże. Po drugie, tekst jest fajny. Po prostu. Bardzo treściwie i przystępnie napisany kawałek dotyczący głównych elementów następujących właśnie zmian, bez wnikania w niuanse takie jak np. licencjonowanie. A po trzecie artykuł ten został opublikowany na portalu ResearchGate, którego do tej pory nie śledziłem uważając, że nic ciekawego się tam nie dzieje (oby więcej takich pomyłek!).

Science 2.0 - legacy gap

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Marzec 8, 2011 w Komunikacja

 

Tagi: , ,

FigShare – nowa platforma mikropublikacji

Wczoraj udostępniona została oficjalna wersja beta serwisu FigShare. Serwis ten powstał z myślą o umożliwieniu uczonym podzielenia się cząstkowymi wynikami badań, niezależnie od tego, czy są to negatywne wyniki, elementy projektów, które nigdy nie trafią do końcowych publikacji czy też wyniki, które dopiero mają zostać opublikowane. Poniżej przykład obrazka z projektu Steve’a Kocha zakończonego w 2003, który nie trafił do publikacji, ponieważ wyniki nie były przekonujące.

FigShare pozwala na opublikowanie zarówno danych jak i obrazków ilustrujących wyniki eksperymentów. Domyślną licencją dla ilustracji jest CC-BY. Serwis oparty jest na silniku MediaWiki wobec czego udostępnia także API (pod adresem http://figshare.com/figures/api.php). Wszystkie opublikowane elementy mają nadany zewnętrzny unikalny adres w systemie Handle (odpowiednik DOI) wobec czego są cytowalne wg wszystkich standardów wydawców czasopism naukowych.

Pojawienie się FigShare jest bardzo istotnym elementem otwierania procesu naukowego. I nie tylko dlatego, że stanowi świetną platformę dla naukowców do dzielenia się wynikami badań tuż po tym jak je otrzymają. To na pewno ważne, ale widzę w tym serwisie znacznie większy potencjał – a mianowicie zostanie platformą mikropublikacji dla projektów nauki obywatelskiej. Projekty, w które angażujemy społeczność spoza środowiska naukowego, rzadko kończą się publikacjami, których wspołautorami są amatorzy. Jednym z niewielu takich przykładów jest praca dotycząca gry FoldIT, w której gracze są autorami (ujęci zbiorowo jako „Players F”, czyli „FoldIT Players”). Generalnie nawet nie chodzi o to, że uczeni nie chcą zapraszać amatorów. Po prostu wymagania dotyczące uznania kogoś za współautora publikacji są na tyle wysokie (tu przykład takich reguł dla czasopism biomedycznych), że dodanie kogokolwiek do publikacji wymaga zazwyczaj sporo akrobacji (nie wspominajmy już o brzydkim zwyczaju dopisywania różnych ważnych osób do publikacji bez ich wkładu merytorycznego). FigShare ma szansę rozwiązać ten problem, bo umożliwia samym amatorom publikację własnych wyników, a uczonym legalne i zgodne z sumieniem wykorzystanie ich ponownie.

Więcej o samym projekcie na oficjalnym blogu FigShare.

Uwaga natury organizacyjnej – FigShare jest wspierany przez Instytut Systemów (proszę nie szukać w internecie, Instytut w zasadzie nie ma własnej strony), którego jestem dyrektorem. Projekt jest w moim odczuciu na tyle ważny, że zdecydowałem, iż Instytut pokryje w całości koszty utrzymania serwisu na dedykowanym serwerze.

 
Dodaj komentarz

Opublikował/a w dniu Marzec 3, 2011 w Nauka, Otwartość, Publikacja

 

Tagi: , , , ,